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Taxonomic tree

All 508 strains, grouped by genus → species. Click any heading to expand. The full embedding-driven network view lives at /strains/map .

› Akkermansia 1 species · 3 strains
· muciniphila (3)
  • MucT genome
  • EB-AMDK19 genome
  • (no tradename) genome
› Bacillus 65 species · 160 strains
· aerius (1)
· albus (2)
  • (no tradename) genome
  • E1-4 genome
· altitudinis (3)
  • (no tradename) genome
  • DG4 genome
  • N5 genome
· alvei (1)
· amyloliquefaciens (5)
  • (no tradename) genome
  • N33 genome
  • SCGB1 genome
  • P224 genome
  • B1 genome
· amyloliticus (1)
· anthracis (1)
· aquimaris (1)
· aryabhattai (2)
  • B8W22 genome
  • BI3 genome
· atrophaeus (1)
· cabrialesii (1)
· cereus (20)
  • (no tradename) genome
  • N25 genome
  • MT-4 genome
  • SEHD031MH genome
  • H38 genome
  • NJD1 genome
  • SHBF2 genome
  • ATCC 14579 genome
  • L6 genome
  • DFH-1 genome
  • DIWL 2 genome
  • DIWL 5 genome
  • CHU4R genome
  • LDPE-DB2 genome
  • L1 genome
  • SH-02 genome
  • VK92 genome
  • PE-1 genome
  • SN1 genome
  • YB-4 genome
· circulans (1)
· clausii (1)
· coagulans (2)
  • GBI-30 6086 genome
  • (no tradename) genome
· enclensis (1)
· endophyticus (1)
· farraginis (1)
· firmus (3)
  • ST5 genome
  • (no tradename) genome
  • NCTC 10335 genome
· flexus (1)
· gibsonii (1)
· gottheilii (2)
  • (no tradename) genome
  • MSB1 genome
· halotolerans (1)
  • B19 genome
· inaquosorum (1)
· lentus (1)
· licheniformis (6)
  • (no tradename) genome
  • SK-1 genome
  • FMMA genome
  • SARR1 P genome
  • PSKA1 E genome
  • NJ04 genome
· luciferensis (1)
  • DIWL 4 genome
· luti (1)
· manliponensis (1)
· megaterium (5)
  • (no tradename) genome
  • SWU01 I genome
  • JR-12 genome
  • LVN01 genome
  • MK64-1 genome
· methylotrophicus (1)
· mobilis (1)
· mojavensis (1)
  • D50 genome
· muralis (1)
· mycoides (3)
  • PM35 genome
  • B12 genome
  • ICRI89 genome
· pacificus (2)
  • C4 genome
  • B4 genome
· pakistanensis (1)
· paralicheniformis (1)
· paramycoides (2)
  • (no tradename) genome
  • DIWL 1 genome
· paranthracis (2)
  • (no tradename) genome
  • RSKS-3 genome
· pasteurii (1)
· polymyxa (1)
· pretiosus (1)
· proteolyticus (2)
  • ESOB2 genome
  • (no tradename) genome
· pseudofirmus (1)
· pseudomycoides (2)
  • (no tradename) genome
  • VT 3 genome
· pumilus (3)
  • (no tradename) genome
  • HR genome
  • VT 3 genome
· safensis (5)
  • DIWL 3 genome
  • (no tradename) genome
  • SMAH genome
  • YX8 D genome
  • KE4K genome
· siamensis (2)
  • ATKU1 genome
  • KCTC 13613 genome
· simplex (1)
· sonorensis (1)
· spizizenii (1)
· sporotermodurans (1)
· stearothermophilus (1)
· subtilis (29)
  • DE111 genome
  • HU58 genome
  • (no tradename) genome
  • DCP04 genome
  • NPA6 genome
  • RBM2 genome
  • ATCC 6633 genome
  • F6 genome
  • W7 genome
  • P22 genome
  • ACT-8 genome
  • CSM5 genome
  • P165 genome
  • ATCC 21332 genome
  • N6 genome
  • ZE15 genome
  • ZE16 genome
  • ZE12 genome
  • BPM12 genome
  • BI8 genome
  • B26 genome
  • A4 genome
  • FW1 genome
  • P74 I genome
  • MTCC 144 genome
  • S4 genome
  • GM genome
  • HS1 P genome
  • SH1 genome
· tequilensis (1)
· thaonhiensis (1)
· thermotolerans (1)
· thuringiensis (3)
  • (no tradename) genome
  • B1 genome
  • SP7-1 genome
· toyonensis (1)
· tropicus (3)
  • ACS1 genome
  • (no tradename) genome
  • SHBF1 genome
· trypoxylicola (1)
· vallismortis (3)
  • LRB-5 genome
  • (no tradename) genome
  • SK070 genome
· velezensis (8)
  • (no tradename) genome
  • A2 genome
  • MT9 genome
  • EBL50 genome
  • GUIA genome
  • P63 genome
  • C5 genome
  • CMC-6 R genome
· wiedmannii (1)
› Bacteroides 7 species · 7 strains
· acidifaciens (1)
· fragilis (1)
· graminisolvens (1)
· salyersiae (1)
· supply (1)
· thetaiotaomicron (1)
· uniformis (1)
› Bifidobacterium 10 species · 64 strains
· animalis (5)
  • BB-12 genome
  • XLTG11 genome
  • (no tradename) genome
  • NJ241 genome
  • H22B621 genome
· asteroides (1)
· bifidum (8)
  • MIMBb75 genome
  • R0071 genome
  • Bb-02 genome
  • BB01 genome
  • BGN4 genome
  • BF-1 genome
  • (no tradename) genome
  • H22B664 genome
· breve (11)
  • M-16V genome
  • B-3 genome
  • BR03 genome
  • CECT7263 genome
  • MCC1274 genome
  • A1 genome
  • YIT12272 genome
  • Bif-07 genome
  • B632 genome
  • CBT-BR3 genome
  • (no tradename) genome
· infantis (6)
  • 35624 genome
  • EVC001 genome
  • M-63 genome
  • UABla-12 genome
  • R0033 genome
  • (no tradename) genome
· lactis (10)
  • Bi-07 genome
  • HN019 genome
  • Bl-04 genome
  • B420 genome
  • DN-173 010 genome
  • CNCM I-2494 genome
  • BPL1 genome
  • V9 genome
  • A6 genome
  • Probio-M8 genome
· longum (18)
  • NCC2705 genome
  • 1714 genome
  • BB536 genome
  • R0175 genome
  • BL-05 genome
  • ES1 genome
  • CECT7347 genome
  • SP 07/3 genome
  • AH1206 genome
  • W11 genome
  • NCC3001 genome
  • MC42 genome
  • APC1472 genome
  • KACC 91563 genome
  • (no tradename) genome
  • F58-9 genome
  • GA24 genome
  • FGSZY16M3 genome
· pseudocatenulatum (3)
  • CECT 7765 genome
  • LI09 genome
  • (no tradename) genome
· pseudolongum (1)
· simiarum (1)
› Clostridium 15 species · 19 strains
· algidicarnis (1)
· botulinum (1)
· butyricum (4)
  • MIYAIRI 588 genome
  • CBM588 genome
  • (no tradename) genome
  • DSM10702 genome
· dalinum (1)
· difficile (1)
· leptum (1)
· magnum (1)
· novyi (1)
· pasteurianum (1)
· perfringens (1)
· septicum (1)
· sporogenes (1)
· tarantellae (1)
· thermocellum (2)
  • (no tradename) genome
  • FC811 genome
· tyrobutyricum (1)
› Cutibacterium 1 species · 1 strains
· acnes (1)
› Enterococcus 6 species · 14 strains
· casseliflavus (1)
· durans (1)
· faecalis (3)
  • (no tradename) genome
  • ATCC 29212 genome
  • ZGBP5-53 genome
· faecium (7)
  • SF68 genome
  • M-74 genome
  • T-110 genome
  • CRL183 genome
  • L3 genome
  • (no tradename) genome
  • ZGBP5-52 genome
· gallinarum (1)
· moraviensis (1)
› Escherichia 3 species · 20 strains
· albertii (1)
· coli (17)
  • Nissle 1917 genome
  • M-17 genome
  • (no tradename) genome
  • BL21 genome
  • ATCC 25922 genome
  • ATCC 8739 genome
  • AY1 genome
  • ATCC8739 genome
  • K-12 genome
  • K12 genome
  • MG1655 genome
  • DH5 genome
  • K-12 MG1655 genome
  • OP50 genome
  • IPT245 genome
  • TVS 353 genome
  • ATCC 35218 genome
· fergusonii (2)
  • ATCC 35469 genome
  • (no tradename) genome
› Eubacterium 5 species · 5 strains
· coprostanoligenes (1)
· rectale (1)
· siraeum (1)
· ventriosum (1)
· xylanophilum (1)
› Faecalibacterium 1 species · 2 strains
· prausnitzii (2)
  • A2-165 genome
  • (no tradename) genome
› Lacticaseibacillus 4 species · 38 strains
· casei (5)
  • DN-114001 genome
  • LC11 genome
  • Zhang genome
  • CRL431 genome
  • (no tradename) genome
· paracasei (11)
  • CASEI 431 genome
  • LPC-S01 genome
  • DG genome
  • CNCM I-1572 genome
  • CNCM I-1518 genome
  • KW3110 genome
  • (no tradename) genome
  • HA-196 genome
  • IMC 502 genome
  • DT66 genome
  • DCRFF018 genome
· rhamnosus (21)
  • MTCC 5462 genome
  • GG genome
  • HN001 genome
  • R0011 genome
  • Lcr35 genome
  • GR-1 genome
  • Lr-32 genome
  • LRa05 genome
  • LRH10 genome
  • LB21 genome
  • DSM 14870 genome
  • PB01 genome
  • LR06 genome
  • LOCK0900 genome
  • SP1 genome
  • CNCM I-4036 genome
  • CECT 8361 genome
  • CECT 8362 genome
  • (no tradename) genome
  • LR genome
  • UCO-25A genome
· zeae (1)
› Lactiplantibacillus 2 species · 12 strains
· pentosus (1)
· plantarum (11)
  • DT88 genome
  • DT22 genome
  • (no tradename) genome
  • Y42 genome
  • ZP-6 genome
  • P101 A genome
  • P101 genome
  • IMC513 genome
  • WB3801 genome
  • WB3808 S genome
  • Q180 genome
› Lactobacillus 25 species · 78 strains
· acidophilus (14)
  • La-14 genome
  • NCFM genome
  • LA-5 genome
  • DDS-1 genome
  • CUL60 genome
  • ATCC 4356 genome
  • L-92 genome
  • LA02 genome
  • LA-1 genome
  • LA-10 genome
  • HA-122 genome
  • (no tradename) genome
  • KLDS S genome
  • KLDS1 genome
· brevis (3)
  • ATCC 367 genome
  • GKJOY genome
  • (no tradename) genome
· casei (4)
  • ATCC 334 genome
  • Shirota genome
  • (no tradename) genome
  • FG12 genome
· crispatus (4)
  • CTV-05 genome
  • M247 genome
  • LBV88 genome
  • (no tradename) genome
· curvatus (1)
· delbrueckii (1)
· delbrueckii subsp. bulgaricus (3)
  • LB-87 genome
  • 2038 genome
  • DSM 20081 genome
· faecis (1)
· farciminis (1)
· fermentum (3)
  • KLD genome
  • (no tradename) genome
  • GR-7 genome
· gasseri (9)
  • BNR17 genome
  • SBT2055 genome
  • KS-13 genome
  • OLL2809 genome
  • CP2305 genome
  • PA 16/8 genome
  • LA806 genome
  • (no tradename) genome
  • KML39 genome
· helsingborgensis (1)
· helveticus (7)
  • R0052 genome
  • Rosell-52ND genome
  • NS8 genome
  • MIMLh5 genome
  • MCC1848 genome
  • CM4 genome
  • (no tradename) genome
· iners (1)
  • AB-1 genome
· johnsonii (5)
  • La1 genome
  • NCC533 genome
  • BS15 genome
  • N6.2 genome
  • (no tradename) genome
· kefiranofaciens (1)
· kefiri (1)
· murinus (1)
· paracasei (2)
  • F19 genome
  • Lpc-37 genome
· parafarraginis (1)
· paragasseri (1)
· plantarum (8)
  • WCFS1 genome
  • 299v genome
  • CBT-LP3 genome
  • HEAL9 genome
  • DSM 33464 genome
  • NCIMB 8826 genome
  • DP189 genome
  • A3 genome
· porci (1)
· rhamnosus (1)
  • CNCM I-3690 genome
· sakei (3)
› Lactococcus 3 species · 11 strains
· garvieae (1)
· lactis (9)
  • IL1403 genome
  • JCM 5805 genome
  • NCDO 2118 genome
  • NZ9000 genome
  • W58 genome
  • Plasma genome
  • MG1363 genome
  • (no tradename) genome
  • ZGBP5-51 genome
· petauri (1)
› Levilactobacillus 1 species · 5 strains
· brevis (5)
  • CD2 genome
  • KB290 genome
  • SBC8803 genome
  • GABA100 genome
  • (no tradename) genome
› Ligilactobacillus 2 species · 9 strains
· murinus (1)
· salivarius (8)
  • UCC118 genome
  • CECT5713 genome
  • LS01 genome
  • LS-33 genome
  • PS2 genome
  • AP-32 genome
  • LS-ARS2 genome
  • (no tradename) genome
› Limosilactobacillus 3 species · 19 strains
· fermentum (8)
  • CECT5716 genome
  • ME-3 genome
  • PCC genome
  • VRI-003 genome
  • MG901 genome
  • (no tradename) genome
  • UCO-979C genome
  • DSM 34872 genome
· reuteri (9)
  • DSM 17938 genome
  • ATCC PTA 6475 genome
  • RC-14 genome
  • DSM 17648 genome
  • NCIMB 701359 genome
  • 20016 genome
  • ATCC 55730 genome
  • JCM 1112 genome
  • (no tradename) genome
· vaginalis (2)
  • (no tradename) genome
  • BC17 genome
› Pediococcus 2 species · 6 strains
· acidilactici (5)
  • CECT 7483 genome
  • KABP-021 genome
  • MA 18/5M genome
  • (no tradename) genome
  • GR-6 genome
· pentosaceus (1)
  • LP28 genome
› Prevotella 1 species · 1 strains
· copri (1)
› Propionibacterium 1 species · 2 strains
· freudenreichii (2)
  • JS genome
  • ET-3 genome
› Saccharomyces 3 species · 7 strains
· boulardii (3)
  • CNCM I-745 genome
  • DBVPG 6763 genome
  • (no tradename) genome
· cerevisiae (3)
  • CNCM I-3856 genome
  • (no tradename) genome
  • OL629078 genome
· pastorianus (1)
› Streptococcus 11 species · 21 strains
· agalactiae (2)
· constellatus (1)
· iniae (1)
· mitis (1)
· mutans (1)
· phocae (1)
· pneumoniae (1)
· pyogenes (1)
· salivarius (5)
  • K12 genome
  • M18 genome
  • 24SMB genome
  • ST3 genome
  • (no tradename) genome
· thermophilus (6)
  • TH-4 genome
  • ST-21 genome
  • DSM 24731 genome
  • CNCM I-1630 genome
  • NCIMB 41856 genome
  • (no tradename) genome
· zooepidemicus (1)
› Weissella 2 species · 4 strains
· cibaria (3)
  • CMU genome
  • CMS1 genome
  • (no tradename) genome
· confusa (1)